Ответ:
Здравствуйте, Антон.
Дать краткий ответ на длинный вопрос(точнее - группу вопросов) - сверхзадача.
Тем не менее, ответ простой: в разделе описания "осуществление изобретения"
руководствуйтесь указанием: "при использовании в способе неизвестных веществ
раскрывается способ их получения".
Об этом прямо сказано в абз.2 пп.(4) п.10.7.4.5 "Административного
регламента по организации приеме заявок на изобретения", утв. приказом
Минобразования РФ 29.10.09,№327, с текстом которого можно ознакомиться на
сайте Роспатента www1.fips.ru.