Ответ:
Уважаемый Антон Анатольевич, Роспатент выдает одно или несколько свидетельств на регистрацию программ ЭВМ по количеству заявителей (правообладателей).
В Вашем случае Роспатент выдаст только одно свидетельство на регистрацию программы ЭВМ на имя заявителя - Вашего работодателя, т.к. законом и правилами предусмотрена возможность выдачи свидетельств только на заявителя. Однако Вы можете сделать со свидетельства неограниченное количество копий, в том числе и цветных, после чего заверить их в установленном порядке.